a-syndicate organisiert seine Arbeit in Projektgruppen. Jeweils eine Projektleitung ist für die Erfassung der Anliegen, Zusammensetzung der Gruppe und deren Ausgewogenheit zuständig. Die Gruppe umfasst, je nach Notwendigkeit 2 - 7 Personen. In der Praxis werden selten mehr als 4 Personen benötigt um erfolgreich eine Lösung zu erarbeiten. Menschen, welche eine Unterstützung wünschen, können einen Antrag stellen und die Situation beschreiben. Die Regionalleitung prüft diese Anliegen und veröffentlicht die angenommenen Projekte. Mitglieder von a-syndicate können die verschiedenen Projekte einsehen und sich für eine Mitgliedschaft in einer Gruppe bewerben. Die Projektleitung stellt die Gruppe zusammen und organisiert die Abläufe. 
Grundsätzlich sollen die einzelnen Projekte finanziell ausgeglichen sein und aus eigener Kraft geführt werden können. Nach einer Starthilfe agieren alle Projekte selbsttragend und selbständig. Übersteigt ein Projekt die eigenen Möglichkeiten wird ein spezielles Projekt lanciert, welches dann zusätzliche Mittel erschliesst. In allen Bereichen ist es dabei Ziel, dass ein angemessener Ausgleich zwischen Leistung und Gegenleistung erreicht wird.

Maximal 18 solcher potenzieller Projektgruppen bilden eine Zelle. Im Zentrum leitet die Zellen-Leitung die Koordination und die Abläufe. Sie koordiniert alle aktuellen Projekte und achtet auf Stärkung des Netzwerkes und auf Balance innerhalb des Prozesses. Übersteigt die Anzahl einer Zelle 126 Mitglieder wird eine neue gegründet mit dem selben strukturellen Aufbau.  In der Regel setzt sich die Arbeit von a-syndicate aber aus kleineren Projekten zusammen, die direkt mit den Betroffenen umgesetzt werden. Menschen, welche eine Unterstützung erhalten verpflichten sich ihrerseits einen Beitrag an die Gemeinschaft zu leisten.